Enter the Matrix

La historia comienza con Niobe, capitán de la nave Logos, y Ghost, su segundo a bordo, los cuales deben recuperar un mensaje en Matrix de la tripulación de la nave rebelde Osiris, la cuál fue destruida recientemente . Después de ser perseguido por Agentes, Ghost y Niobe escapan de Matrix con el mensaje, que resulta ser una advertencia para la ciudad humana Zion, en el cuál se explica que las máquinas se acercan con un ejército de Centinelas. Niobe y Ghost tienen la tarea de llamar al resto de las naves para que regresen a Zion y así coordinar su defensa.

El juego nos permite jugar en «el otro lado» de la película, lo que no se ve en la película, como por ejemplo como Niobe llega con el coche para salvar a Morfeo, lo podemos «vivir» y disfrutar en este juego.