La historia de X-COM comienza en 1998. El argumento inicial se centra en el aumento de informes de avistamientos ovni. Los cuentos de rapto y terrorismo por los aliens desconocidos se extienden. Las naciones del mundo llegan a percibir esto como una amenaza e intentan formar sus propias fuerzas para hacer frente a este, como el Kiryu-Kai de Japón; estas fuerzas fallan miserablemente: el Kiryu-Kai intercepta sólo un OVNI en sus cinco meses de operación. El 11 de diciembre de 1998, los representantes de algunas naciones más poderosas en el mundo se encuentran en Ginebra, Suiza, para hablar del asunto. De esta reunión nació la unidad XCOM (eXtraterrestrial COMbat unit), del cual el jugador toma el mando durante el curso del juego.

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