Haegemonia toma lugar en un futuro distante donde la humanidad ha colonizado el Sistema Solar y las tensiones han crecido entre el Gobierno Mundial de la Tierra y Marte colonial. Una cumbre es organizada en la Luna de la Tierra para resolver las tensiones, pero la nave del representante de Marte es destruida en ruta por un tercero, aún desconocido. Ambos bandos culpan una al otro y este evento gatilla una guerra civil entre los colonos y la Tierra.

El jugador puede aliarse con el capitán Jack Garner de la Tierra para detener el levantamiento colonial, o unirse a la capitana Nilea Cortilliari y a los colonos marcianos en su campaña por la independencia.

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