Pues esta resultando mas difícil de lo que parece, resulta que con el mod actualizado funciona al montarlo de cero, si instalo el gta3 y luego le meto el mod, funciona, pero al cambiar el nombre de la carpeta (o la dirección donde se encuentra) deja de funcionar repitiendo el error que tu comentas, da la sensación que es como si se escribiera alguna clave de registro con la dirección de instalación que hace que falle todo al cambiar el juego de sitio, aunque no he encontrado ninguna clave (quizá se me ha pasado) que haga esto, pero da la sensación de que se comporta como si así fuera.
De momento lo mejor seria que descargaras el juego base (primer repack)
e instalaras sobre el el mod, dentro de la carpeta de instalación tienes un txt para eliminar lo que sobra (aunque si simplemente no instalas nada de lo que aparece al final de la instalación seria suficiente) y en la carpeta exe original el crack 1.0 (que es el que usa el mod) para hacer funcionar bien hay que modificar 3 archivos .img y aplicar el parche 4gb al exe, si te ves con dificultades dímelo y te paso los archivos ya modificados.