Red Alert comienza en la década de 1950, tomando lugar en una realidad alternativa en la cual Albert Einstein construye una máquina llamada Cronoesfera, la cual usa para viajar en el tiempo desde Trinity, Nuevo México en 1946 a Landsberg, Alemania, en 1924, donde se encuentra con Adolf Hitler recién liberado de la cárcel por el fallido Putsch de la Cervecería de Múnich en el mismo año. Einstein elimina a Hitler de nuestra dimensión en un intento por prevenir la Segunda Guerra Mundial. Después de ello regresa a 1946 donde Europa se ve pacífica y sin mayores problemas, pues la Guerra no devastó al continente.

Pero el plan de Einstein resultó un grave error de cálculo, pues la Unión de Repúblicas Socialistas Soviéticas bajo el régimen de Iósif Stalin, logro convertirse rápidamente en una superpotencia expansionista, ya que Hitler y su Alemania Nazi nunca emergieron para equilibrar fuerzas con la URSS en el continente Europeo. Sin el obstáculo hitleriano, la Unión Soviética avanza militarmente sin ninguna oposición considerable a través del continente, donde los aliados se ven sobrepasado por un enemigo superior en número y armas, iniciándose así la Segunda Guerra Mundial como una campaña Soviética de dominación euroasiática. A lo largo del juego las potencias aliadas y la Unión Soviética luchan por el control del continente europeo en un conflicto que costará 80 millones de vidas y devastará una gran parte del mundo.

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