Tras el éxito de Doom Marine para frustrar el infierno en Doom y Doom II: Infierno en la Tierra, se establece una política planetaria para poner en cuarentena las instalaciones de investigación de la UAC con niveles apocalípticos de radiación. Durante años, las instalaciones permanecieron inmóviles y abandonadas, hasta que un satélite largamente olvidado que vigila una de las instalaciones, apenas en funcionamiento debido a los años de estar sometida a los altos niveles de radiación, envía un mensaje a la Tierra.

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En sus vacaciones, el agente Bond se encuentra con la bella y letal Xenia Onatopp, que intenta hacerse con los planos de un nuevo helicóptero invulnerable a las interferencias. Mientras tanto la programadora del ejército ruso Natalya Siminova es la única superviviente de su equipo a un macabro plan del general Ourumov para hacerse con Goldeneye, un arma espacial ultrasecreta que emite pulsos nucleares que inutilizan cualquier equipo electrónico. Bond formará equipo con Natalya para descubrir a los malhechores tras el robo.

Es ampliamente considerado como uno de los mejores videojuegos de disparos de todos los tiempos.

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Este juego es conocido por, de ciertos modos, llevar al límite las capacidades del hardware de la Nintendo 64, como por ejemplo usando algunas secuencias de video y voces de los seiyu originales de la serie. Esto es destacable ya que el juego fue desarrollado para Nintendo 64, consola que, debido a su sistema de cartuchos, raramente tenía FMV en sus juegos.

El juego incluye todas las grandes batallas tanto de la serie de anime como de la película End of Evangelion, a excepción de la batalla con el séptimo Ángel, Gaghiel. La mitad de los niveles utilizan una vista de desplazamiento lateral, con luchas en 3D y el jugador controlando un EVA, mientras que la otra mitad hace uso de sus propios estilos de juego.

El juego posee 13 misiones, cada una de ellas enfocada en uno de los enemigos principales de la serie.

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El juego está ambientado en Termina, una realidad alternativa a Ocarina de la Hyrule del Tiempo, que será destruida junto con sus habitantes en tres días por una luna gigante que cae, a menos que el jugador, como Link, pueda salvarla de una inminente aniquilación. El antagonista de la trama es un travieso diablillo llamado Skull Kid que ha robado un poderoso y antiguo artefacto llamado Máscara de Majora de un enigmático vendedor de máscaras.

El juego introdujo varios conceptos novedosos, que giran en torno al ciclo de tres días que se repite perpetuamente y el uso de varias máscaras que pueden transformar a Link en diferentes seres. A medida que el jugador avanza en el juego, Link también aprende a tocar numerosas melodías en su ocarina, que le permiten controlar el flujo del tiempo o abrir pasajes a cuatro mazmorras del templo. Característico de la serie Zelda, la finalización del juego implica atravesar con éxito varias mazmorras, cada una de las cuales contiene una serie de complejos rompecabezas y enemigos.

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