El juego se basa en la ascensión del Imperio Romano, añadiendo nuevas civilizaciones, unidades y tecnologías, así como tres nuevas campañas ambientada en esta época histórica:

• El auge de Roma, que tiene lugar desde la fundación de la ciudad hasta la expansión de la civilización romana por la península itálica y el Mediterráneo.
• Ave César, que se centra en la vida y logros del famoso general romano.
• Pax Romana, en la que tomaremos el control de un amplio y extendido Imperio.
• Los enemigos de Roma, protagonizada por diferentes héroes y pueblos que desafiaron la hegemonía romana.

Además, en esta expansión podremos apreciar algunos nuevos edificios, como el Colisseo, que se convierte en la maravilla de la civilización romana.

Como novedad técnica cabe reseñar que la expansión incluye la posibilidad de crear colas de producción, es decir, crear varias unidades en serie sin necesidad de esperar a que acabe la que se encuentra en curso.

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El jugador es elegido en el papel de Tom Driscoll, el piloto del transbordador de exploración enviado para verificar el estado del planeta. Su transbordador funciona mal y le obliga a aterrizar por accidente. Tom descubre que los datos que describieron el planeta como un mundo desértico eran falsos. Albion es un mundo lleno de vida, secretos, sorpresas y magia. Está habitado por humanoides sensibles, altos y delgados, similares a los felinos llamados Iskai y las muchas divisiones de humanos celtas que viajaron mágicamente al planeta en su época. Depende de Driscoll alertar a la tripulación de Toronto de la verdadera situación para salvar a Albion y sus habitantes.

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La historia no depende del personaje elegido, y sus características son iguales por lo que en realidad sólo se te da a escoger por cuestión de estética.

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Nada más llegar, Carnby descubre que una maldición ha caído sobre el pueblo y que Jed Stone, un cowboy diabólico, es el responsable de la desaparición del equipo. En el camino, Carnby se encontrará con pistoleros de gran puntería y con almas perdidas sedientas de sangre a los que él tendrá que enfrentarse con ayuda de su fuerza y su pericia.

El tamaño del mapa a explorar aumenta considerablemente, pero aún así, el desarrollo del juego es bastante lineal, ya que los caminos están bloqueados por pistoleros que matan a Carnby si se acerca, hasta que se exploren los edificios en un orden determinado. La acción pura que se vio en la entrega anterior pasa a un segundo plano recuperando en parte el estilo de la primera parte de resolver enigmas para avanzar en la acción.

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El protagonista, Johny Jones, en esta ocasión se debe adentrar en el castillo Hosmimumarack donde tiene una triple misión: apoderarse del tesoro oculto, rescatar a un compañero prisionero en las mazmorras y raptar a la princesa, hija del Sultán. Una vez alcanzados los objetivos tendrá que regresar a la sala principal del palacio donde debe conjurarse el hechizo que se obtiene con las letras de la palabra BABALIBA, que están escondidas en algún lugar de esta sala.

El palacio, dividido en cuatro plantas, está repleto de enemigos que incluyen moros armados, cangrejos monstruosos, arañas asesinas y peligrosos cocodrilos. En la planta baja están las mazmorras, en la planta principal los jardines laberínticos y el tesoro, y en las de arriba, los aposentos. En total hay 135 localizaciones por visitar.

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La historia del juego toma lugar en un mundo fantástico donde conviven distintos clanes formados por razas. Cuando el clan del Drágon estaba en su máximo apogeo, apareció la diosa de los deseos, Tyr. Codiciados por su poder, los dragones lucharon entre ellos. Mientras tanto, Tyr disfrutaba de la guerra y les animaba a seguir luchando. Cuando el mundo tenia por destino su propia destrucción, apareció un guerrero que junto a sus amigos consiguió derrotar a Tyr y encerrarla en seis llaves (las llaves de la diosa) que fueron dispersadas y escondidas por todo el mundo. Los dragones de la luz habían devuelto la paz al mundo…

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El juego nos transporta a un mundo donde la magia y la fantasía son una constante. Nos encontramos en el año 1000 A.D., justo cuando se celebra la Feria Milenaria que conmemora 1000 años de existencia. Tomaremos el papel de Crono, el cual enfrentará diversos peligros y enemigos, tomando un viaje que le transportará fuera de las barreras del tiempo, donde penetrará y neutralizará las fortalezas del presente, pasado y futuro.

Una paradoja se ha creado, si no se encarga de reparar el orden del tiempo nada volverá a ser igual. Él será la esperanza de todos, pero no estará solo, pues amigos le ayudaran en su cometido. Una aventura épica donde el amor, el drama, el valor y la aventura son sus cartas de presentación.

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Ambientado en una historia alternativa, el juego cuenta la historia de una guerra mundial entre dos facciones globalizadas: la Iniciativa de Defensa Global (GDI) de las Naciones Unidas y una organización militar de tipo culto llamada la Hermandad de NOD, liderada por el misterioso Kane. Los grupos compiten por el control de Tiberio, una misteriosa sustancia que se extiende lentamente por todo el mundo.

Tiberium es una planta muy extraña. Cierto científico descubrió que consistía de varias sustancias, y que algunas de ellas pueden causar serias degeneraciones al cuerpo humano. Las otras sustancias se mostraron ser extremadamente valiosas. Pronto, la Hermandad de NOD comenzó a usarlo para sus malvados planes. Ellos recogían toneladas de dinero para comprar toneladas de armas, y pronto se convirtieron en un pequeño ejercito en lugar de una pequeña secta. Su fuerza creció rápidamente en África – un continente sin un gran ejercito para detenerlos- y pronto Kane giró su atención hacia Europa.

El mundo entero empezó a temblar y estaba claro que tenía que ser detenido. Los países ricos de occidente formaron la Iniciativa de Defensa Global, o simplemente GDI, para un simple propósito: para detener y destruir la Hermandad de Nod. La guerra había comenzado.

La producción de edificios y la formación de las unidades militares se financia recogiendo Tiberio, el único recurso del juego, mediante el uso de unidades de recolección, y procesándolas en créditos a través de una estructura de refinería. Cada facción tiene su propio tipo de unidades, su propia superarma y su propia estrategia de combate: GDI se basa en ataques estratégicos a gran escala con unidades caras, pero robustas y poderosas; mientras que NOD se basa en ejércitos más grandes y en el uso de tácticas no convencionales con unidades baratas e inusuales

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Cada comando tiene diferentes habilidades y equipamiento que puede utilizar para enfrentarse a los enemigos y completar sus misiones:

• Boina Verde: Mueve barriles, escala superficies rugosas, utiliza un señuelo para distraer a los enemigos y puede matar con un cuchillo.
• Marino: Puede bucear, usar un arpón, matar a los enemigos con un cuchillo, y es el único que puede pilotar barcos y botes.
• Conductor: Es el único que puede conducir vehículos así como manejar tanques y cañones montados, y es uno de los dos comandos que pueden curar las heridas de sus camaradas.
• Zapador: Es el único capaz de usar granadas y manejar explosivos, pero también puede cortar alambradas y colocar trampas.
• Espía: Puede usar los uniformes del enemigo, distraer a los soldados cuando se disfraza de oficial, y matar con una inyección letal.
• Francotirador: Es el único que puede usar un rifle de francotirador para eliminar objetivos, y el segundo comando que puede curar las heridas de sus camaradas con un botiquín de primeros auxilios.

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