Posteriormente en el Mar del Norte, el submarino de la Royal Navy es capturado por un destructor alemán. La máquina enigma es confiscada y la tripulación capturada, a excepción de James Blackwood, que se esconde en la proa del submarino. Pronto consigue ponerse en contacto con Thomas Hancock, quien también consiguió escapar. Después de rescatar a la tripulación, los comandos proceden a la recuperación de la máquina enigma e inhabilitan las armas principales y el motor del destructor. Jack O’Hara y Rene Duchamp llevan la máquina enigma a Inglaterra volando en un Fieseler Fi 156, mientras que el resto continuará su viaje en el submarino.

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Cada comando tiene diferentes habilidades y equipamiento que puede utilizar para enfrentarse a los enemigos y completar sus misiones:

• Boina Verde: Mueve barriles, escala superficies rugosas, utiliza un señuelo para distraer a los enemigos y puede matar con un cuchillo.
• Marino: Puede bucear, usar un arpón, matar a los enemigos con un cuchillo, y es el único que puede pilotar barcos y botes.
• Conductor: Es el único que puede conducir vehículos así como manejar tanques y cañones montados, y es uno de los dos comandos que pueden curar las heridas de sus camaradas.
• Zapador: Es el único capaz de usar granadas y manejar explosivos, pero también puede cortar alambradas y colocar trampas.
• Espía: Puede usar los uniformes del enemigo, distraer a los soldados cuando se disfraza de oficial, y matar con una inyección letal.
• Francotirador: Es el único que puede usar un rifle de francotirador para eliminar objetivos, y el segundo comando que puede curar las heridas de sus camaradas con un botiquín de primeros auxilios.

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El jugador asume el papel de un oficial aliado, al que se le ha confiado el mando de un grupo de comandos en cada una de las veinte misiones del juego que llevan a cabo. La sesión informativa que se da antes de comenzar una misión se divide en dos partes: la primera, se centra en los antecedentes de la misión y en el lugar donde tiene lugar, y la segunda, utilizando el mapa de la misión, detalla los objetivos que los comandos deben completar, cualquier información importante que necesiten saber y lo que deben utilizar para escapar de la zona. Commandos cuenta con seis comandos que el jugador puede controlar, aunque cada misión ofrece un subconjunto específico de comandos que el jugador puede utilizar para completar los objetivos, aunque una misión fracasa si alguno de los comandos muere en acción.

Cada comando que el jugador puede controlar tiene un conjunto diferente de habilidades y equipamiento que puede utilizar para enfrentarse a los enemigos y ayudarles a completar sus misiones: el Boina Verde es capaz de mover barriles, escalar superficies rugosas, utilizar un señuelo para distraer a los enemigos y puede matar a los soldados con un cuchillo; el Marino puede bucear bajo el agua, utilizar un arpón, puede matar a los enemigos con un cuchillo, y es el único que puede pilotar barcos y botes; el Conductor es el único que puede conducir vehículos y manejar tanques y cañones montados, y es uno de los dos comandos que pueden tratar las heridas de sus camaradas; el Zapador es el único capaz de usar granadas y manejar explosivos, pero también puede cortar a través de alambradas y colocar trampas; el Francotirador es el único que puede usar un rifle de francotirador para eliminar objetivos, y el segundo comando que puede tratar las heridas de sus camaradas con un botiquín de primeros auxilios; el Espía puede usar los uniformes del enemigo, distraer a los soldados cuando se disfraza de oficial, y puede matar a los enemigos con una inyección letal. Además de sus habilidades, todos los comandos llevan un arma de mano que pueden usar como último recurso para defenderse. El énfasis del juego se centra en el sigilo y en las tácticas cuidadosamente planeadas más que en los tiroteos, ya que los comandos no sobrevivirán mucho tiempo si se les dispara.

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