Al comienzo del juego, el objetivo inmediato de Simon es llegar a la ciudad y unirse a Calypso. Antes de que pueda hacer esto se deben completar varias tareas más pequeñas, al estilo típico de un juego de aventuras. Al llegar a la ciudad es recibido por Melissa, la heroína que aparentemente rescató su cuerpo de Sordido. Ella quiere un favor a cambio: que Simon localice al Swampling y le informe de su paradero. Una vez que Simon encuentra el Swampling, siguen varias revelaciones sobre la historia del juego, así como los orígenes del Universo.

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