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Los niveles del juego se dividen en 4 «aldeas» de Gobbo y se accede a través de un mundo abierto. Las misiones implican ayudar a otros Gobbos con una determinada tarea, como rescatar a otro Gobbo que está atrapado dentro de una jaula de acero y perseguir a un Dantini a través de una etapa para recuperar un sándwich robado.

Después de completar un cierto número de niveles en una aldea, se abre un nivel de jefe, que permite el acceso a la siguiente aldea cuando se completa. Ciertos niveles incluyen la conducción de un vehículo a través de un recorrido, que incluye un auto de carreras, una lancha rápida, un ala delta, un globo aerostático y una bola de nieve gigante, entre otros.

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Se accede a los niveles a través de un mapa del mundo, y consta de varias subsecciones más pequeñas y diferentes que tienen lugar tanto sobre la tierra como bajo tierra (y, en ocasiones, que tienen lugar bajo el agua) que están llenas de varios enemigos y obstáculos que intentan estorbar a Croc.

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A lo largo de los niveles se colocan un número de monedas. Recoger todas las monedas en un nivel de recompensa al jugador con una gran moneda de oro y es necesario para completar el 100% del juego, para lo cual también habrá que derrotar enemigos y descubrir los secretos de cada nivel.

Algunos niveles implican que Kuzco beba elixires mágicos, convirtiéndolo en una rana, una tortuga o un conejo, cada uno con habilidades específicas necesarias para completar el nivel.

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