En un pequeño planeta llamado Twinsun gobierna FunFrock, un malvado dictador que tiene a toda la población reprimida. Su poder radica en dos técnicas que controla a la perfección: la clonación y la teleportación. Mediante la primera crea infinidad de soldados, y la segunda le permite tener bajo control cualquier punto del planeta.

Twinsen, nuestro protagonista, hace tiempo que esta teniendo sueños extraños en el cual una diosa llamada Sendell le dice que está predestinado a salvar el planeta de las garras de FunFrock. Debido a estas visiones es encerrado en un manicomio. La pequeña gran aventura acaba de empezar.

Little Big Adventure es un juego de acción en tiempo real pseudo-3D con vista isométrica. Todos los personajes y vehículos del juego, incluidos algunos accesorios del mundo, son objetos reales basados en polígonos 3D que realizan acciones dentro de entornos prerrenderizados en 2D. Una vez completadas ciertas tareas, el jugador se encuentra con una escena de vídeo de movimiento completo. Además, Twinsen, puede cambiar entre cuatro «modos de comportamiento» diferentes (Normal, Atlético/Deportivo, Agresivo y Discreto), cada uno de los cuales cambia las habilidades del personaje y sus interacciones con el mundo del juego. El combate en el juego se lleva a cabo principalmente con la Bola Mágica, una bola brillante de energía que el jugador lanza hacia los enemigos, y cuya trayectoria y ángulo cambian en función del modo en que se encuentre el jugador. El cambio al modo «Agresivo» también permite a Twinsen combatir con puñetazos y patadas.

Permite al jugador viajar libremente y de forma no lineal por las islas del mundo del juego una vez que se han desbloqueado completando ciertos objetivos o resolviendo determinados puzles; también hay muchas tareas que son opcionales. Ciertos lugares del juego están inicialmente bloqueados para el jugador hasta que progresa a una determinada fase, como las islas del hemisferio norte y las fortalezas de varias islas del hemisferio sur.

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